1997年7月に公開された『新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION Air／まごころを、君に』以来、約10年ぶりとなる新世紀エヴァンゲリオンの映画である。『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズ一作目として制作された本作は、基本的にTVシリーズの第壱話〜第六話までのストーリーを踏襲しており、一見リメイクであるかのように見えるが、製作サイドは新劇場版に関して一度としてリメイクという表現を使っていない。
TVシリーズの原画、動画やタイムシートを素材として再利用しているものの[4]、絵は全て新たに描き直され、そのままの絵は1枚たりとも使用していない[5]。また全編にわたってデジタル撮影や3DCGが使用されて映像の「再構築 (REBUILD) 」が行われている。エヴァや使徒の形態、演出のリファインや、渚カヲルなど「人類補完計画」の核心に迫る要素が早い段階で登場するなど、新たな設定や演出も導入されている。また、登場人物の立ち位置や性格の描写にもわずかな変更が加えられている。
